Naftovodni sustav zatvoren je industrijski objekt koji nema krutih, tekućih ni plinovitih emisija i u normalnim uvjetima rada, uz stručno utemeljene, planirane i provedene mjere zaštite, ne onečišćuje okoliš.

Tijekom projektiranja i izgradnje naftovodno-skladišnog sustava JANAF-a poduzete su sve aktivnosti za osiguranje sigurnosti sustava, zdravlja ljudi te siguran i čist okoliš u svim fazama rada i postojanja sustava. Odabirom najboljih raspoloživih tehnika i kvalitetnih materijala, uporabom mjera u funkciji zaštite tla, voda i mora te kontinuiranim nadzorom sustava tijekom eksploatacije redovnim i investicijskim održavanjem postignuta je najviša razina sigurnosti sustava. 

Trasa naftovoda prolazi kroz područja različitih karakteristika, od mora, šuma, ravnica, naseljenih i nenaseljenih područja, vodoopskrbnih zona do prijelaza ispod cesta, rijeka i željeznica. Sukladno svojstvima okoline, primijenjeni su najstroži standardi mjera zaštite okoliša. Prepoznavanje i procjena potencijalnih opasnosti, pripremljenost i uvježbanost zaposlenika JANAF-a za postupanje u slučaju nesreće ili iznenadnog događaja te korektivne radnje stalnog poboljšanja sustava upravljanja sigurnošću najbolja su jamstva sigurnog i održivog naftovodno-skladišnog sustava. 

Sigurnost sustava temelji se na načelu i vjerovanju da je iznenadne događaje u velikoj mjeri moguće spriječiti. Misao kojom se vodimo jest „Sustav bez iznenadnih događaja“, što nas usmjerava i omogućuje nam postizanje najviših svjetskih standarda.

Izgradnje, rekonstrukcije, dogradnje, odnosno općenito modernizacija sustava ima jasnu svrhu poboljšanja sustava transporta nafte i pružanja usluga skladištenja nafte i naftnih derivata, a dio je poslovne politike i strategije održivog razvoja u kojoj uz ostvarenje interesa široke društvene zajednice uvijek prevladava ekološka svijest i briga za ljude, prirodu i okoliš.